Medizin

Recherche

In den letzten Jahrzehnten haben sich die medizinische Wissenschaft sowie die klinische und translationale Forschung zu datenintensiven wissenschaftlichen Disziplinen entwickelt. Es gibt eine Vielzahl von Datenrepositorien, in denen verschiedene Datensätze gefunden werden können:

  • IDEM Ethik in der Medizin
  • Gene-disease relationships  – Informationen zu Gen-Krankheitsbeziehungen
  • Human Metabolome Database – Biomarker und klinische Chemie

Daten sammeln und strukturieren

In der medizinischen und klinischen Forschung ist es sinnvoll, mit der s.g. Common Data Elements (CDEs) zu arbeiten. CDEs sind genau definierte Fragensätze mit einem bestimmten Format oder Satz zulässiger Werte, die von Menschen oder Maschinen eindeutig interpretiert werden können. Diese werden von Online-Sammlungen, Repositorien und anderen Online-Ressourcen verwendet, um klinische Daten aus verschiedenen Studien und Registern zu integrieren. Die US Library of Medicine bietet ein CDE-Portal, auf dem verschiedene gemeinsame Datenelemente gefunden und untersucht werden können.

Die Verwendung von Ontologien zum Kommentieren und Standardisieren von Ergebnissen wird ebenfalls empfohlen. Ontologien erleichtern die Abfrage und Interpretation von Daten. Ontologien erfordern eine genaue Kenntnis der spezifischen Domäne, auf der die Daten generiert werden. Mit dem Ontobrowser können Sie verfügbare Ontologien in den biomedizinischen Wissenschaften durchsuchen und Ihre Ergebnisse einer bestimmten Ontologie zuordnen.

Je nach Art der generierten Daten können unterschiedliche Ansätze zur Strukturierung und Bereitstellung von Daten erforderlich sein. Wenn ein schneller Zugriff auf die Datensätze erforderlich ist, ist ein Dateispeicherungsansatz möglicherweise die beste Lösung. Wenn beträchtliche Mengen von Forschungsdaten generiert werden, sollte ein Objektspeichersystem in Betracht gezogen werden, dessen Umfang und Kapazität zunehmen können und dessen Durchsatzleistung höher ist.

Datenformate und Metadaten

Datenformate und die beabsichtigte Datennutzung in der Medizin sind sehr unterschiedlich. Es ist wichtig sicherzustellen, dass die Auswahl des Datenformats und der Metadaten den Anforderungen der Datenlieferung entspricht. Die ausgewählten Formate und Metadaten sollten eine Vielzahl von Verwendungszwecken unterstützen, die von einfachen Abfragen über eine API bis zum Herunterladen von Datensätzen über einen Browser oder ein http-Protokoll reichen. Die ULB stellt eine Liste der akzeptierten und bevorzugten Datenformate zur Verfügung, mit denen die Lesbarkeit von Daten in Zukunft sichergestellt werden kann. Die Liste wird regelmäßig aktualisiert, um sicherzustellen, dass die gegebenen Ratschläge korrekt bleiben.

Weitere nützliche Links und Hinweise zur Auswahl der richtigen Datenformate für die Langzeitarchivierung finden Sie über die folgende Library of Congress Online-Ressource.

Datenübertragung

Medizinische Studien und Projekte erfassen routinemäßig Daten von Menschen. Daher müssen alle rechtlichen, datenschutzrechtlichen und ethischen Fragen behandelt und geklärt werden. Studien sollten die Genehmigung der Ethikkommission der MLU einholen.

Bei der Aufbereitung klinischer Daten zur Weiterverwendung durch andere sollten einige Schritte beachtet werden. Diese können in mehreren Schritten zusammengefasst werden:

  • Bitten Sie nicht nur die befragten Teilnehmer, sondern auch die Institution, an der die Forschung durchgeführt wird, und die Sponsoren um frühzeitige Zustimmung.
  • Der Datenanforderungsprozess sollte transparent sein. Dies umfasst die Erstellung von Datenantragsformularen, Einverständniserklärungen und einen Auswahlprozess, der sicherstellt, dass Anfragen von Datenerstellern oder -verwaltern gründlich geprüft werden können. Nur bona fide Kollaboraturen sollten Zugriff auf die Daten erhalten können.
  • Die Anonymisierung der Datensätze sollte unter Berücksichtigung der Vereinbarungen der Einverständniserklärungen und der für die Übermittlung der Daten verfügbaren Infrastruktur erfolgen und von Gruppen oder Einzelpersonen überwacht werden, die über gute Datenmanagementfähigkeiten und Erfahrung mit Qualitätskontrollprozessen verfügen.
  • Daten sollten über sichere Datenübertragungsmethoden verfügbar gemacht werden.
  • Zusammen mit den Datensätzen sollte eine unterstützende Dokumentation zur Verfügung gestellt werden.
  • Eine Datennutzervereinbarung/Lizenzierung sollten verwendet werden, um sicherzustellen, dass 1) keine Versuche unternommen werden, Teilnehmer erneut zu identifizieren oder zu kontaktieren, 2) die Datenersteller anerkannt und korrekt zitiert werden und 3) die Bedingungen, unter denen der Datensatz verwendet werden kann, für den Endnutzern klar umrissen sind.